微生物菌剂根据作物的不同选择不同的施肥方法，常用的施肥方法有：
1、种施法。机播时，将颗粒微生物菌剂与少量化肥混匀，随播种机施入土壤。
2、撒施法。结合深耕或在播种时将微生物菌剂均匀的施在根系集中分布的区域和经常保持湿润状态的土层中，做到土肥相融。
3、条状沟施法。条播作物或葡萄等果树，开沟后施肥播种或在距果树5CM处开沟施肥。
4、环状沟施法：苹果、桃、梨等幼年果树，距树干20-30CM绕树干开一环状沟，施肥后覆土。
5、放射状沟施。苹果、桃、梨等成年果树，距树干30CM处，按果树根系伸展情况向四周开4-5个50CM长的沟，施肥后覆土。
6、穴施法。点播或移栽作物，如玉米、棉花、西红柿等，将肥料施入播种穴，然后播种或移栽。
7、蘸根法。对移栽作物，如水稻、西红柿等，按微生物菌剂加5份水配成肥料悬浊液，浸蘸苗根，然后定植。
8、盖种施法。开沟播种后，将微生物菌剂均匀的覆盖在种子上面。